L' efficacia o le prestazioni del vaccino dipendono da una serie di fattori:
- la malattia stessa (per alcune malattie la vaccinazione funziona meglio di altre)
- il ceppo del vaccino (alcuni vaccini sono specifici o almeno i più efficaci contro particolari ceppi della malattia)
- se il programma di vaccinazione è stato correttamente osservato.
- risposta idiosincratica alla vaccinazione; alcuni individui sono "non rispondenti" a determinati vaccini, il che significa che non generano anticorpi anche dopo essere stati vaccinati correttamente.
- fattori assortiti come etnia, età o predisposizione genetica.

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